Molibden metali tabiatda erkin holatda mavjud emas. Molibdenning asosiy minerali molibdenit (molibden disulfidi, MoS₂).
Yerdagi molibden zahiralari unchalik katta emas, uning tarkibi yer qobigʻi ogʻirligining atigi 0,001% ni tashkil etadi, molibden rudasining umumiy zaxirasi esa 15 million tonnaga yaqin boʻlib, asosan AQShda tarqalgan. Xitoy, Chili, Rossiya, Kanada va boshqa mamlakatlar. Xitoyning tasdiqlangan molibden metall zahiralari 1,72 million tonnani, asosiy zahiralari esa 3,43 million tonnani tashkil etib, dunyoda Qo'shma Shtatlardan keyin ikkinchi o'rinda turadi. Molibden rudasi toʻrt provinsiyada toʻplangan: Shensi, Xenan, Jilin va Liaoning.